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“战新冠”病毒基因变异动态监测平台发布

时间: 2020-02-17

2019年底开始，新型冠状病毒从武汉传播开来，造成了数以万计的人员感染和数以千计的患者死亡。在病毒的疯狂肆虐下，祖国处于危难当中。武汉危急！湖北危急！中华大地面临着严峻的考验！全球目前多个地区的爆发使得世卫组织（WHO）将此次事件定位成国际突发公卫事件，并将病毒及其引起的疾病正式命名为“SARS-CoV-2"和“COVID-19”。最近，WHO呼吁全球共享病毒样本、数据并加快对药物和疫苗的研究，全球共享所有流感数据倡议组织（GISAID）正在帮助全球的研究者共享其新冠病毒的基因组数据。

为了控制疫情，一支支医护队伍放弃春节团聚，从祖国的四面八方奔赴前线，逆火而行，以无畏的意志和必胜的决心抗击病毒，护佑人民安康。2020年2月17日，志诺维思联合中国医师协会（CMDA）、国家基因组科学数据中心(NGDC)、国家基因库(CNGB)和国家科学评论杂志(NSR)等多家权威机构联合发起数据快速共享倡议：呼吁所有病毒研究者通过国家基因组科学数据中心的“基因组数据仓库(GWH:bigd.big.ac.cn/gwh/)和国家基因库生命大数据平台的序列归档系统(CNSA:db.cngb.org/cnsa)快速分享病毒基因组数据。

在此数据倡议下，志诺维思开发的“战新冠 – 病毒基因变异动态监测平台”可快速分析这些数据并每日更新毒情，遵守上述数据库相关规定，承诺分析的所有的原始病毒基因组数据权利属于数据提供方，实时分析结果免费向疾控中心、医疗机构、研究人员及公众开放。最新一期国家科学评论杂志发表社论：号召所有拥有病毒基因组数据的研究者通过向快速共享数据和“战新冠”的分析来帮助监测病毒变异的情况和演化动态（参考“基因智慧”公众号最新刊发的国家科学杂志社论：《学术道义与社会职责——呼吁及时公布和共享2019-nCov测序数据》）。

国家有难，匹夫有责。在这个危难的时刻，志诺维思依靠基因组大数据技术经验，快速搭建了“战新冠-病毒基因变异动态监测平台”。根据进化的基本原理，病毒感染人群后可能会发生变异，自然选择偏好高且传染力强的突变毒株将更加利于在人群中传播。而通过对病毒基因组序列的大数据分析，我们能够直观地看到这些毒株的变异情况和进化规律。

我们的平台通过对全球不同国家、不同数据库的存量新冠病毒基因组序列进行大数据分析，可以展示全球范围内新冠病毒基因组变异情况、变异毒株的地理分布，并可做到实时监测病毒变异和演化动态，为精准防疫和诊治提供大数据支持。

根据昨天（2020年2月16日）最新的病毒序列数据及分析显示，在全球97条新冠病毒序列中，有32条序列没有发生氨基酸改变的基因变异（占比33%），绝大多数毒株只发生了1-2个氨基酸变异（65条，占比67%）。但其中的一个变异毒株(ORF8:L84S)，该序列数量为26条，该群体占总病毒群体的比例高达26.8%（图1.）。通过对数据的追踪，该毒株群体数量在1月14日至1月31日之间出现快速增长，而第二大株群（ORF7a:P34S）则表现为数量持平或下降（图2）。现有收集到的数据表明，新变异株群(ORF8:L84S)的出现频率明显高于(ORF7a:P34S)，如果能排除掉聚集性传染事件，数据能说明该毒株的扩散能力比较强，需要密切监测。基于目前有限的病毒基因组数据分析显示，当前的新冠病毒序列的氨基酸变异处于缓慢增加的过程，在2月9日-2月16日之间，病毒序列氨基酸变异的类型增加速度进一步放缓（明显受到数据提交速度放缓的影响），氨基酸变异率也未见显著升高。

但由于目前数据量仍然较少，在追踪病毒变异随时间的变化上还没有足够的统计学效用，呼吁大家能够在第一时间把更多的新冠病毒基因组序列提交到上述数据库（参考“基因智慧”公众号最新刊发的国家科学杂志社论：《学术道义与社会职责——呼吁及时公布和共享2019-nCov测序数据》和战新冠平台分析结果：fight-sars2.genowis.com）。