随着新冠肺炎（COVID-19）的进一步蔓延，全球超过650万人感染了新型冠状病毒（SARS-CoV-2），其中美国疫情最为严重，确诊病例数超过190万例，而作为美国疫情震中的纽约州，确诊病例数也已超过37万例。

4月初，《纽约时报》在一篇报道中提到，美国两所高校正在进行的研究表明纽约州的新冠疫情主要起源于欧洲。如今，其中一所高校的研究报告已经出炉，为揭示SARS-CoV-2早期的全球传播动态提供了进一步支持。

西奈山伊坎医学院的一支研究团队在对西奈山医院早期收治的84名COVID-19患者进行病毒测序后发现，这些病毒毒株主要是从欧洲和美国其他地方引入，并且早在3月初病毒已经进入了社区传播阶段。相关报告近日发表在《Science》上。

DOI：10.1126 /science.abc1917

2月29日，纽约州发现了首例COVID-19病例。截至3月18日，共有84名COVID-19患者前往西奈山医院就诊，其中44人为女性患者，40人为男性患者，他们来自纽约市四个大区和纽约州的三个县。

研究人员从这些患者的鼻咽拭子中获取了90个病毒分离株并对其进行了测序，得到了72个完整的和18个部分的基因组。

为了追溯纽约州疫情的早期发展，研究人员从全球流感数据共享平台（GISAID）下载了截至4月1日世界各地上传的2,363个SARS-CoV-2病毒序列，将其连同从84名患者身上获取的病毒序列进行了系统发育分析。

系统发育树显示，纽约的84个病毒分离株可分为A1a、A2a、B、B1、B4这5个亚型，其中64个病毒分离株聚集在A2a类，该类主要由来自欧洲COVID-19患者的分离株组成，说明纽约州早期的COVID-19病例大多为欧洲引入。

纽约州和全球其他地区SARS-CoV-2分离株的系统发生关系

随后，研究人员分析了与纽约市相关的病毒传播事件的时间，发现A2a进化树底部的最早序列包括自2月下旬开始来自意大利、芬兰、西班牙、法国、英国和其他欧洲国家的病毒分离株，以及从3月第一周开始的一些北美分离株。在这个分类中存在着两个突变，将纽约和其他地区的分离株区分开来，这说明可能在2月初到2月中旬当地至少引入了两个独立的病毒株。

总之，这项研究表明，纽约州当地的新冠疫情主要来自美国和欧洲之间的无追踪传播，仅有有限证据显示该病原是从中国直接引入的，不仅为全球范围内SARS-CoV-2的多样性提供了快照，也为地方一级流行病动态提供了参考。

参考资料：

[1] Introductions and early spread of SARS-CoV-2 in the New York City area.

[2] Study shows NYC COVID-19 outbreak had European and U.S. origins.

来源： 生物探索 　2020-06-05