新型冠状病毒SARS-CoV-2导致2019年冠状病毒病（COVID-19），如今正在全球肆虐。SARS-CoV-2与密切相关的SARS-CoV同属于冠状病毒科β冠状病毒属B谱系。位于SARS-CoV-2和SARS-CoV包膜的刺突糖蛋白（S）具有大约80%的氨基酸序列一致性，而且这两种病毒均利用人血管紧张素转化酶2（hACE2）进入宿主细胞。细胞进入是通过S蛋白同源三聚体介导的病毒-受体结合实现的，然后是病毒-宿主膜融合，其中这种结合是通过S蛋白的受体结合结构域（RBD）进行的。破坏S蛋白在感染建立中所发挥的这一关键作用是中和抗体的主要目标，也是治疗性干预和疫苗设计的重点。

截至2020年9月27日，SARS-CoV-2已在全球导致3288多万人感染，造成超过99.4万人死亡，其中在美国已有707多万人感染，死亡人数超过20万。成倍增长的病例数量使得临床医疗机构不堪重负。报告的病例数也低估了真实的感染数量，这是因为迄今为止诊断测试的数量有限，而且存在无症状或轻度病例。

对SARS-CoV-2的基因组测序可以重建它的传播历史，不过这取决于采样情况。在一项新的研究中，来自美国多家研究机构的研究人员分析了2020年2月20日至3月15日期间从来自美国华盛顿州的感染患者体内收集的453个SARS-CoV-2基因组。他们发现，在此期间采样的大多数SARS-CoV-2感染源于2020年1月底或2月初的一次病毒输入，随后这种病毒在实施积极的社区监测之前在当地传播。相关研究结果近期发表在Science期刊上，论文标题为“Cryptic transmission of SARS-CoV-2 in Washington state”。

这些结果突出表明，即使在当前疫情得到控制之后，仍有必要在美国和世界其他地区广泛监测SARS-CoV-2的社区传播。

疾病严重程度的广泛性使得监测工作面临挑战。传统的公共卫生监测和基因组流行病学的结合可以提供可操作的新见解，就像这项研究中提及的那样：在2020年2月29日对最初的社区病例进行测序后，结果立即与美国国家、州和地方公共卫生部门分享，从而在西雅图市和华盛顿州掌握现有的COVID-19传播范围时迅速推出社会隔离政策。

西雅图当地传播的确认促使检测标准发生变化，以着重关注没有旅行史的个人。从2月29日起，新的基因组数据立即发布到GISAID EpiCoV序列数据库，并通过Nextstrain在线平台与其他公开的SARS-CoV-2基因组一起进行分析，以提供即时和公众的形势意识。这些研究人员认为，社区监测、基因组分析和公众实时分享结果的结合，将增强传染病监测新系统的能力。